系统发育网络中的谁是谁：文章、作者与程序
种群与进化
2016-10-07 v1 数字图书馆
摘要
系统发育网络于 20 世纪 90 年代作为一种新模型出现，用于表示在共存物种通过杂交、重组、侧向基因转移等方式传递遗传信息的情况下物种的演化。正如许多快速发展的领域一样，系统发育网络研究在方法论、标准和词汇方面存在相当大的碎片化和多样性，因此需要建立一个集文章、作者、技术、关键词和软件于一体的综合数据库。我们描述了这样一个数据库——“系统发育网络中的谁是谁”，可通过 http://phylnet.univ-mlv.fr 访问。该数据库包含 600 多篇出版物和 500 多位作者，并与 200 多个与系统发育网络相关的关键词丰富地相互链接。数据库集成了基于网络的工具，用于可视化作者关系和合作网络，并使用常见的图和社会网络指标（如中心性（介数、特征向量、度和接近度）和聚类）分析这些网络。我们提供数据库中条目原始信息的下载，以及一个建议修改和贡献新信息的渠道。本文还展示了该数据库的常见用例，并利用数据库中的信息和文本分析识别了系统发育网络研究的趋势。
引用
@article{arxiv.1610.01674,
title = {Who is Who in Phylogenetic Networks: Articles, Authors and Programs},
author = {Tushar Agarwal and Philippe Gambette and David Morrison},
journal= {arXiv preprint arXiv:1610.01674},
year = {2016}
}
备注
10 pages, 3 figures