针对零膨胀计数结局的方差分量遗传关联检验
统计方法学
2018-01-19 v1 基因组学
摘要
在生物医学研究中，研究收集的数据常包含具有信息性过多零值的结局指标；例如，在脑病理研究中观察神经炎性斑块负荷时，那些未出现斑块者对理解神经退行性疾病亦有贡献。该结局可由混合分布刻画，其中一个分量为“结构零”，另一分量为 Poisson 分布。我们提出了一种新颖的方差分量得分检验，用于检验一组遗传标记与来自混合分布的零膨胀计数结局之间的遗传关联。该检验具有先前为标准连续或二值结局所设计的 SNP 集检验（如序列核关联检验（SKAT））的优势特性。特别地，我们的方法相比竞争方法具有更优的统计功效，尤其在标记组内存在相关性、且 SNPs 同时与混合比例和 Poisson 分布发生率相关联时。我们将该方法应用于 Rush 大学宗教秩序研究与记忆和衰老项目（ROSMAP）的阿尔茨海默病数据，作为原理验证，当应用于零膨胀神经炎性斑块计数结局时，我们发现与 APOE 基因在“结构零”和“计数”参数上均存在高度显著关联。
引用
@article{arxiv.1801.05913,
title = {Variance Components Genetic Association Test for Zero-inflated Count Outcomes},
author = {Matthew Goodman and Lori Chibnik and Tianxi Cai},
journal= {arXiv preprint arXiv:1801.05913},
year = {2018}
}