基于相关个体样本的广义遗传关联研究
应用统计
2011-11-24 v1
摘要
遗传关联研究是发现与感兴趣的复杂性状相关联的遗传因素的重要步骤。本文提出了一种新的广义拟似然得分（GQLS）检验，适用于数量性状或二元性状的研究。我们使用逻辑回归模型将性状的表型值与等位基因频率分布联系起来。在我们的模型中，等位基因频率被视为响应变量，性状被视为协变量，这使得我们可以不指定性状值的分布。模拟研究表明，与基于家系的关联检验（FBAT）相比，我们的方法通常具有更高的检验效能，并能将 I 型错误控制在期望水平。我们将该方法应用于荷斯坦牛的估计育种值表型数据分析，以及酒精依赖的酒精中毒遗传学协作研究数据分析。结果显示，很大一部分显著 SNP 和区域与既往文献一致，并揭示了与感兴趣的复杂性状相关联的新的显著 SNP 和区域。
引用
@article{arxiv.1111.5487,
title = {Generalized genetic association study with samples of related individuals},
author = {Zeny Feng and William W. L. Wong and Xin Gao and Flavio Schenkel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1111.5487},
year = {2011}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/11-AOAS465 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)