基于 Beta 分布探讨等位基因概率与全基因组关联研究
基因组学
2014-02-26 v1 种群与进化
应用统计
摘要
本文提出了一种用于生成群体等位基因概率分布的模型，旨在尽可能可靠地模拟具有不同观测截断和噪声程度的等位基因概率。此外，我们还引入了一种分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据集的全新方法，该方法始于一种基于统计分布及每种基因型两种效应大小的新型关联检验。我们将这一新方法学应用于真实数据集，并结合 Monte Carlo 实验展示了新方法的效能表现。最后，我们使用一致性 Kappa 指数和主成分分析 (PCA)，比较了基于 Beta 分布的新方法与基于 Chi-Squared 分布的传统方法。两项分析均表明，在筛选关联中的单核苷酸多态性 (SNPs) 时，这两种方法之间存在差异。
引用
@article{arxiv.1402.6151,
title = {Approaching allelic probabilities and Genome-Wide Association Studies from beta distributions},
author = {José Santiago García-Cremades and Angel del Río and José A. García and Javier Gayán and Antonio González-Pérez and Agustín Ruiz and O. Sotolongo-Grau and Manuel Ruiz-Marín},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.6151},
year = {2014}
}
备注
24 pages, 16 figures, to be submitted to publication