使用基于基因组信息的势函数刻画人类适应性
种群与进化
2018-03-22 v1 生物物理
摘要
作为一个生命信息与通信系统，基因组在单核苷酸多态性（SNP）中编码了反映人类适应的模式，以优化种群在不同环境中的生存。本文对环境诱导的适应力进行了数学建模，以量化种群间 SNP 频率分布的变化。我们在生物物理方法（例如最小化基因组自由能）与群体遗传学概念之间建立了直接联系。我们无偏见的计算机程序扫描了主要组织相容性复合体区域中的大量 SNP，并标记出了一个与缺氧反应相关的 SNP 对海拔的依赖性。我们双盲方法的统计功效体现在：在多个种群中，基于 SNP 信息的势函数的数学功能相关性被标记出与特定环境参数相关。此外，我们的方法为常见变异生物学的新发现提供了见解。本文展示了种群多样性生物物理建模的威力，以更好地理解生物现象中的基因组-环境相互作用。
引用
@article{arxiv.1803.07979,
title = {Use of Genome Information-Based Potentials to Characterize Human Adaptation},
author = {James Lindesay and Tshela E. Mason and William Hercules and Georgia M. Dunston},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.07979},
year = {2018}
}
备注
10 pages, 4 figures