含时偏置模拟中的转移速率、存活概率与偏置质量
生物物理
2021-09-24 v1 生物大分子
摘要
具有自适应含时偏置的模拟(如元动力学)能够高效探索系统的构象空间。然而，系统的动态信息会被偏置改变。对于非频繁元动力学，若集体变量理想且过渡态附近无偏置沉积，则可恢复跨势垒的转移速率。遗憾的是，对于复杂分子的模拟，这些条件并非总能满足。为克服这些局限并受单分子力谱启发，我们基于 Kramers 理论发展了当系统施加含时偏置时计算跨势垒速率的方法。我们通过测量偏置相较于理想行为加速转移的効率来评估偏置参数的质量。我们给出了存活概率的近似解析表达式，其准确再现跨势垒时间统计，并能在先前方法失效的困难情形下提取无偏转移速率。
引用
@article{arxiv.2109.11360,
title = {Transition rates, survival probabilities, and quality of bias from time-dependent biased simulations},
author = {Karen Palacio-Rodriguez and Hadrien Vroylandt and Lukas S. Stelzl and Fabio Pietrucci and Gerhard Hummer and Pilar Cossio},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.11360},
year = {2021}
}