利用贝叶斯公式估计过渡路径采样模拟中稀有事件的速率
统计力学
2015-10-28 v1 化学物理
摘要
过渡路径采样是一种基于路径分布的渐变变换来估计分子系统中稀有事件速率的方法，该路径分布包含小部分反应性轨迹，渐变变换后变为这些稀有轨迹已变频繁的偏置分布。然后，实施多态重加权方案以对从分阶段模拟中收集的数据进行后处理。在此，我们展示了贝叶斯公式如何允许直接构造包含增强比例的反应性轨迹的偏置样本，并同时从该样本中估计过渡速率。当变换后的分布与参考分布重叠不充分时，该方法可以补救在自由能微扰或伞形采样模拟中遇到的收敛问题。
引用
@article{arxiv.1509.08371,
title = {Using Bayes formula to estimate rates of rare events in transition path sampling simulations},
author = {Pierre Terrier and Mihai-Cosmin Marinica and Manuel Athènes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1509.08371},
year = {2015}
}
备注
11 pages, 8 figures