用于稀有事件动力学计算的频率自适应元动力学

在生物分子系统中预测准确的热力学与动力学性质具有科学意义和实用价值。尽管二者均十分困难，动力学预测尤其困难，因为速率与自由能不同，依赖于所经历的路径，因而并非所有增强采样方法都适用。近来已证明可通过所谓的“非频繁元动力学”模拟恢复动力学，其中模拟以最小破坏亚稳态之间转移动力学的方式施加偏置。然而，该方法要求偏置缓慢加入，从而阻碍了其在仅具有中等时间尺度分离过程的应用。在此我们提出一种桥接常规与非频繁元动力学的频率自适应策略。我们表明该策略可在固定计算代价下提高速率计算的精度与准确度，并应能扩展至更慢动力学过程的速率计算。