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您尝试过关闭后再打开吗?用于增强抽样的随机重置

化学物理 2025-04-10 v1 软凝聚态物质 统计力学

摘要

分子动力学模拟在化学、物理和生物学领域广泛应用,提供原子细节的定性洞察。然而,仅持续数微秒的仿真时间是描述生物分子构象转换和分子晶体多态性等现象的重大障碍。最近,随机重置(即随机停止和重新启动仿真)作为一种强大的增强抽样方法涌现出来,该方法无需集变量、高度并行且易于在现有分子动力学代码中实现。重置加速了稀有事件的抽样,同时 enables 推断底层过程的动力学可观测量。它可作为独立工具或与其他增强抽样方法(如Metadynamics)一起使用,每种技术都能补偿对方的缺点。本文综合描述了重置及其理论背景,回顾了随机重置用于增强抽样的最新进展,并为实践者提供有指导性的准则。

关键词

引用

@article{arxiv.2504.05982,
  title  = {Have you tried turning it off and on again? Stochastic resetting for enhanced sampling},
  author = {Ofir Blumer and Barak Hirshberg},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2504.05982},
  year   = {2025}
}