TiMEx：一种用于癌症变异互斥组的等待时间模型
分子网络
2015-10-28 v3 定量方法
摘要
尽管基因组学最近的技术进步，我们对癌症进展及其驱动遗传变异的理解仍不完整。在此，我们介绍TiMEx，一种用于检测跨遗传变异的各种程度互斥模式的生成概率模型，可指示参与癌症进展的路径。TiMEx明确考虑变异等待时间与观察时间之间的时间相互作用。在模拟研究中，我们显示我们的模型优于先前检测互斥的方法。在大规模生物数据集上，TiMEx识别出具有强功能生物学相关性的基因群，同时也提出许多用于生物验证的新候选。TiMEx具有优于先前方法的若干优势，包括肿瘤发生的新型生成概率模型、互斥相互作用概率的直接估计、计算效率以及对涉及低频变异的基因群检测的高敏感性。R代码可在 www.cbg.bsse.ethz.ch/software/TiMEx 获取。
引用
@article{arxiv.1504.00826,
title = {TiMEx: A Waiting Time Model for Mutually Exclusive Groups of Cancer Alterations},
author = {Simona Constantinescu and Ewa Szczurek and Pejman Mohammadi and Jörg Rahnenführer and Niko Beerenwinkel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1504.00826},
year = {2015}
}
备注
Paper accepted for oral presentation at RECOMB CCB Satellite Meeting (April 2015, Warsaw)