二十丙氨酸的结构与超度量性质

B. Velikson; J. Bascle; T. Garel; H. Orland

doi:10.1021/ma00070a010

二十丙氨酸的结构与超度量性质

凝聚态物理 2009-10-22 v2

作者: B. Velikson , J. Bascle , T. Garel , H. Orland

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摘要

我们研究了二十丙氨酸的局部能量极小值。这些极小值通过高温分子动力学和链增长蒙特卡洛模拟生成，随后进行最小化。我们发现，对于广泛的介电常数值（ $\epsilon = 1,10,80$ ），较低能量的构型为 $\alpha$ -螺旋，并且不同 $\epsilon$ 值下 $\phi \psi$ 空间中能量极小值的分布没有显著差异。超度量性测试表明，较低能量（ $\alpha$ -螺旋）的 $\epsilon =1$ 构型形成具有一定超度量性的集合，为这些极小值中存在精细结构提供了证据。我们为这种精细结构提出了一个启发式论证。我们还发现 $\epsilon =10$ 和 $\epsilon =80$ 能量极小值之间存在不同类型的超度量性证据。我们分析了最小化构型中 $\alpha$ -螺旋部分长度的分布，并发现 $\epsilon =1$ 构型存在持续现象，与先前关于临界长度的研究定性一致。电子邮件联系方式：[email protected]

关键词

能量极小值 α-螺旋超度量性分子动力学蒙特卡洛模拟肽构象

引用

@article{arxiv.cond-mat/9303022,
  title  = {Structural and ultrametric properties of twenty(L-alanine)},
  author = {B. Velikson and J. Bascle and T. Garel and H. Orland},
  journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9303022},
  year   = {2009}
}

备注

Saclay-T93/025 Email: [email protected]

二十丙氨酸的结构与超度量性质

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