在突变空间中模拟基因组与种群：以 HIV 耐药性进化为例
种群与进化
2008-01-03 v1 基因组学
其他定量生物学
摘要
在不同进化遗传模型下模拟生物种群时，可采用向后或向前策略。向后模拟（亦称基于溯祖理论的模拟）计算效率极高，但该框架施加了向前模拟所没有的若干限制。本文提出了一种新的简单高效模型，用于对种群和/或基因组进行向前模拟。其基本思想是将个体视为该个体与参考或共识基因型之间的差异（突变），因此不再用完整序列或基因型来表示该个体。通过与更经典的向前模型对比，展示了新模型的效率。该实例利用 B_FR.HXB2 参考序列模拟 HIV 耐药性的进化，以研究对齐多夫定和去羟肌苷药物已知耐药突变株的出现。
引用
@article{arxiv.0801.0124,
title = {Simulating Genomes and Populations in the Mutation Space: An example with the evolution of HIV drug resistance},
author = {Antonio Carvajal-Rodriguez},
journal= {arXiv preprint arXiv:0801.0124},
year = {2008}
}
备注
17 pages, 3 figures