具有随机种群大小和单倍型中中性单步突变 Fisher-Wright 种群的高效正向模拟
统计计算
2012-10-08 v1 种群与进化
其他统计学
摘要
在群体遗传学和法医遗传学中，了解单倍型在种群中的分布至关重要。种群动态模拟有助于促进对单倍型分布的研究。在法医遗传学中，单倍型例如可以由谱系标记组成，如 Y 染色体上的短串联重复序列位点 (Y-STR)。描述种群动态的一个主导模型是简单而强大的 Fisher-Wright 模型。我们描述了一种用于精确正向模拟精确 Fisher-Wright 种群（而非近似模型如溯祖模型）的高效算法。其效率源于通过改变从个体到单倍型的传统视角而采用的便捷数据结构。该算法已在开源 R 包 'fwsim' 中实现，能够模拟非常大的种群。我们专注于单倍体模型，假设具有灵活增长规格的随机种群大小、无选择、中性单步突变过程以及自我繁殖的个体。这些假设使得该算法非常适合研究 Y-STR 等谱系标记。
引用
@article{arxiv.1210.1773,
title = {Efficient Forward Simulation of Fisher-Wright Populations with Stochastic Population Size and Neutral Single Step Mutations in Haplotypes},
author = {Mikkel Meyer Andersen and Poul Svante Eriksen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.1773},
year = {2012}
}
备注
17 pages, 6 figures