FFPopSim：用于大种群进化的高效正向模拟软件包
种群与进化
2012-07-31 v1
摘要
分析具有多个多态位点的种群进化动力学极具挑战性，因为需要追踪大量可能的基因型。在缺乏解析解的情况下，正向计算机模拟是多基因座群体遗传学中的重要工具。模拟有性种群的标准算法运行时间随位点数 L 呈 8^L 增长，或随种群大小 N 的平方增长。我们开发了新算法，能够以 3^L 的缩放比例模拟大种群。该算法基于快速傅里叶变换 (Fast-Fourier Transform, FFT) 的类比，允许任意适应度函数（即任何上位性）和遗传图谱。该算法实现为一系列 C++ 类和一个 Python 接口。
引用
@article{arxiv.1207.6916,
title = {FFPopSim: An efficient forward simulation package for the evolution of large populations},
author = {Fabio Zanini and Richard A. Neher},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.6916},
year = {2012}
}
备注
available from: http://code.google.com/p/ffpopsim