完美系统发育单倍型分型是对数空间完备的
计算复杂性
2009-05-06 v1 基因组学
定量方法
摘要
单倍型分型是根据给定基因型预测可能单倍型的生物信息学问题。可以使用Gusfield的完美系统发育单倍型分型(PPH)方法来解决，该方法已有多项式时间和线性时间算法。这些算法使用复杂的数据结构或逐步将基因型数据转换为单倍型数据，因此需要线性空间。我们关注PPH的确切计算复杂度，并证明它可以通过仅需对数空间的算法高效地求解。结合最近证明的PPH的L-困难性，我们确立了其L-完备性。我们的算法依赖于一种基于二分图的PPH新刻画，该刻画可用于高效地判定和构建基因型的完美系统发育。
引用
@article{arxiv.0905.0602,
title = {Perfect Phylogeny Haplotyping is Complete for Logspace},
author = {Michael Elberfeld},
journal= {arXiv preprint arXiv:0905.0602},
year = {2009}
}