可处理性岛屿的海岸线：简约单倍型与最小完美系统发育单倍型问题的算法
其他定量生物学
2007-05-23 v3 种群与进化
摘要
简约单倍型(Parsimony Haplotyping, PH)问题要求能解释给定基因型集合的最小单倍型集合，最小完美系统发育单倍型(Minimum Perfect Phylogeny Haplotyping, MPPH)问题要求同时允许单倍型嵌入完美系统发育（一种具有生物学动机限制进化树）的此类最小集合。对于PH，我们扩展了近期工作，在输入矩阵每列和每行中2的个数受限的(k,l)-有界实例框架下，进一步刻画“易解”与“难解”实例的界面。通过对MPPH的可处理性边界以相同方式探索，我们提供了该问题的首批具体正向结果，支撑这些结果的算法为未来进一步处理MPPH提供了新见解。此外，我们基于输入矩阵列的性质为PH和MPPH构建了多项式时间近似算法。我们最后概述了PH与MPPH中引人入胜的开放问题。
引用
@article{arxiv.q-bio/0605024,
title = {Shorelines of islands of tractability: Algorithms for parsimony and minimum perfect phylogeny haplotyping problems},
author = {Leo van Iersel and Judith Keijsper and Steven Kelk and Leen Stougie},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0605024},
year = {2007}
}
备注
Updated version of our "Beaches of Islands of Tractability..." paper (which appeared in WABI2006 and as a Technische Universiteit Eindhoven technical report.) This version contains new approximation results and has been submitted (Jan 2007) to IEEE/TCBB journal (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.)