基于炼金转移方法计算不同骨架配体的相对结合自由能
化学物理
2021-07-13 v1
摘要
我们提出了炼金转移方法（ATM）的扩展，用于估计分子复合物的相对结合自由能，适用于常规以及骨架跃迁的炼金变换。该方法命名为 ATM-RBFE，实现于免费开源的 OpenMM 分子模拟软件包中，旨在提供比现有方法更简单且更普遍适用的相对结合自由能计算途径。该方法基于可靠的统计力学理论以及一种新颖的坐标扰动方案，旨在交换一对配体的位置，使得其中一个从本体溶剂转移到受体结合位点，而另一个同时沿相反方向移动。计算直接使用由常规设置工具准备的单一溶剂盒进行，无需拆分静电与非静电变换，也无需成对软核势。本文使用 SAMPL8 GDCC 主客体基准集以及雌激素受体 复合物基准集对 ATM-RBFE 进行验证。在每种情况下，该方法均产生自洽且收敛的相对结合自由能估计，与绝对结合自由能、参考文献值以及实验测量一致。
引用
@article{arxiv.2107.05153,
title = {Relative Binding Free Energy Calculations for Ligands with Diverse Scaffolds with the Alchemical Transfer Method},
author = {Solmaz Azimi and Sheenam Khuttan and Joe Z. Wu and Rajat K. Pal and Emilio Gallicchio},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.05153},
year = {2021}
}