Lambda-ABF-OPES：在炼金术自由能计算中实现更快收敛与高精度
化学物理
2025-05-08 v2 生物大分子
摘要
在结合速度与精度的前提下预测小分子与目标大分子之间的结合亲和力，是现代计算药物发现的基石，这对于加速治疗药物的研发至关重要。尽管分子动力学模拟近期取得了进展，例如高级极化力场和增强采样技术，但估算绝对结合自由能仍然具有计算挑战性。为了克服这些困难，我们引入了一种高效的混合方法，将 Lambda 自适应偏置力方案与即时概率增强采样相结合。当与 AMOEBA 极化力场结合使用时，与原始的 Lambda-ABF 相比，该方法在采样效率和计算速度上实现了高达九倍的提升，以远低于标准技术的成本获得了收敛的结果。
引用
@article{arxiv.2502.17233,
title = {Lambda-ABF-OPES: Faster Convergence with High Accuracy in Alchemical Free Energy Calculations},
author = {Narjes Ansari and Zhifeng Francis Jing and Antoine Gagelin and Florent Hédin and Félix Aviat and Jérôme Hénin and Jean-Philip Piquemal and Louis Lagardère},
journal= {arXiv preprint arXiv:2502.17233},
year = {2025}
}