AlGDock：柔性配体与刚性受体间的结合自由能计算
化学物理
2020-06-30 v2 生物大分子
摘要
Alchemical Grid Dock (AlGDock) 是一款开源软件，旨在计算小有机配体与生物大分子的结合平均力势（BPMF）——即柔性配体与刚性受体之间的结合自由能。多个 BPMF 可用于严格计算柔性伙伴间的结合亲和力。AlGDock 在不同温度和受体-配体相互作用强度的热力学状态间使用副本交换。受体-配体相互作用能通过插值预计算网格来表示。热力学状态被自适应地初始化并实时调整，以维持副本交换率。在演示计算中，当结合配体被视为完全溶剂化时，AlGDock 估计的 BPMF 在 65% 的系统中精度在 4 kT 以内，在 91% 的系统中精度在 8 kT 以内。它在 83% 的模拟中正确识别了天然结合姿态。性能有时受限于所采样与目标热力学状态的重要构型空间之间的细微差异。
引用
@article{arxiv.1507.03703,
title = {Alchemical Grid Dock (AlGDock): Binding Free Energy Calculations between Flexible Ligands and Rigid Receptors},
author = {David D. L Minh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1507.03703},
year = {2020}
}
备注
53 pages, 12 figures, 4 supplemental figures