用于绝对结合自由能估算的炼金转移方法
化学物理
2021-01-21 v1 定量方法
摘要
本文提出了用于计算非共价分子复合物标准结合自由能的炼金转移方法（ATM）。该方法基于配体在受体结合位点与显式溶剂体相之间的坐标位移微扰，以及一个由对称中间态连接的热力学循环，在该中间态中配体与受体和溶剂环境以相等强度相互作用。尽管该方法属于炼金法，但 ATM 的实现与结合的物理路径方法一样直接。该方法原则上适用于任意力场，不需要将炼金变换拆分为静电和非静电步骤，也不需要使用软核对势。我们已将 ATM 实现为 OpenMM 分子动力学库的一个免费开源插件。该方法及其实现在 SAMPL6 SAMPLing 主客体基准集上进行了验证。该工作为在许多分子模拟软件包上以及使用任意能量函数（包括可极化、量子力学和人工神经网络势）实现简化的炼金相对和绝对结合自由能计算铺平了道路。
引用
@article{arxiv.2101.07894,
title = {Alchemical Transfer Approach to Absolute Binding Free Energy Estimation},
author = {Joe Z. Wu and Solmaz Azimi and Sheenam Khuttan and Nanjie Deng and Emilio Gallicchio},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.07894},
year = {2021}
}