阿奇拉斯转移方法的势分布理论

我们提出了阿奇拉斯转移方法（ATM）用于分子结合的势分布理论（PDT）形式化描述。ATM通过平移配体坐标来映射复杂构象的结合态与未结合态，从而建模结合自由能。PDT将自由能和沿着阿奇拉斯路径上扰动能的概率密度与初始状态（结合过程中的未结合态）的概率密度联系起来。因此，ATM在未结合态的转移能概率密度首先通过将配体与溶剂耦合的概率密度与其与包埋受体耦合的概率密度进行卷积操作来实现，这些概率密度的解析描述已知，并通过双解耦阿奇拉斯计算数据的最大似然分析获得参数。随后，利用PDT将这种解析描述沿着阿奇拉斯转移路径进行扩展。我们在来自SAMPL8基准集合的五个客体与TEMOA宿主的阿奇拉斯结合测试了该理论。在每种情况下，来自数值计算获得的沿阿奇拉斯转移路径的扰动能概率密度都与理论和双解耦仿真预测的概率密度吻合。该工作为阿奇拉斯转移提供了坚实的理论基础，提供了在阿奇拉斯转移计算中观察到的概率密度形式的物理见解，并确认了阿奇拉斯转移与双解耦过程在概念和数值上的等效性。