炼金自由能计算的最佳实践
生物大分子
2021-04-02 v3 统计计算
摘要
炼金自由能计算是预测分子从一个环境转移到另一个环境时自由能差的有用工具。这些方法的标志是使用代表“炼金”中间态的“桥接”势能函数,这些中间态不能作为真实化学物种存在。从这些桥接炼金热力学态收集的数据,使得转移自由能(或转移自由能之差)的计算效率比直接模拟转移过程高出数个数量级的模拟时间。尽管这些方法高度灵活,但必须注意避免常见陷阱,以确保所计算的自由能差对所选力场是稳健且可复现的,并包含适当的校正以允许与实验数据直接比较。在本文中,我们回顾了炼金自由能计算几个流行应用领域的当前最佳实践,包括相对和绝对小分子与生物分子靶标的结合自由能计算。
引用
@article{arxiv.2008.03067,
title = {Best Practices for Alchemical Free Energy Calculations},
author = {Antonia S. J. S. Mey and Bryce Allen and Hannah E. Bruce Macdonald and John D. Chodera and Maximilian Kuhn and Julien Michel and David L. Mobley and Levi N. Naden and Samarjeet Prasad and Andrea Rizzi and Jenke Scheen and Michael R. Shirts and Gary Tresadern and Huafeng Xu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2008.03067},
year = {2021}
}
备注
48 pages, 14 figures