隐式配体理论：来自分子对接的严格结合自由能与热力学期望
统计力学
2015-03-20 v1 生物物理
生物大分子
摘要
本文推导了一种严格的形式体系，用于从受体构型独立于配体进行采样的计算中估算非共价结合自由能和热力学期望。由于这种分离，受体构型只需采样一次，从而促进了结合自由能计算在虚拟筛选中的应用。对主客体系统的演示计算表明，结果与先前的自由能计算及等温滴定量热法测量值吻合良好。隐式配体理论为改进现有分子对接算法提供了指导，并深入揭示了非共价大分子识别中的诱导契合和构象选择概念。
引用
@article{arxiv.1208.4885,
title = {Implicit Ligand Theory: Rigorous Binding Free Energies and Thermodynamic Expectations from Molecular Docking},
author = {David D. L. Minh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.4885},
year = {2015}
}
备注
21 pages, 2 figures, 4 tables, 3 supplemental figures, 2 supplemental tables