祖先重组图拓扑结构的可恢复性
种群与进化
2022-06-01 v2
摘要
重组是一种强大的进化过程，塑造了许多物种群体中所观察到的遗传多样性。从测序数据中在存在重组的情况下重建谱系树是一项极具挑战性的问题，因为这依赖于突变发生在正确的谱系上，以便检测重组并解决局部树中边的位置。我们研究了在带有重组和基因转换的合并模型下恢复祖先重组图（ARGs）真实拓扑结构的概率。我们探讨了样本量和突变率如何影响重建 ARGs 的固有不确定性；这揭示了 ARG 重建方法的理论局限性。我们使用几种生物有机体的进化速率估计来说明我们的结果；特别地，我们发现对于对 SARS-CoV-2 而言现实的参数值，重建接近真实的谱系树的概率很低。
引用
@article{arxiv.2110.04848,
title = {Recoverability of Ancestral Recombination Graph Topologies},
author = {Elizabeth Hayman and Anastasia Ignatieva and Jotun Hein},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.04848},
year = {2022}
}