KwARG：基于简约法重建带反复突变的祖先重组图
种群与进化
2021-05-14 v2
摘要
在存在重组与反复突变的情况下，根据遗传数据样本重建可能的历史是一个具有挑战性的问题，但能为种群的演化提供关键见解。我们提出 KwARG，其实现了一个基于简约法的贪心启发式算法，用于寻找在假设的重组与突变事件数量上最小或接近最小的合理家系历史（祖先重组图）。给定一组比对序列的输入数据集，KwARG 输出一组可能的候选解，每个解包含一份可能生成该数据集的突变与重组事件列表；可通过指定一组“代价”参数来控制解中重组与反复突变的相对比例。我们表明，与现有方法相比该算法表现良好。该软件已在 GitHub 上发布。
引用
@article{arxiv.2012.09562,
title = {KwARG: Parsimonious reconstruction of ancestral recombination graphs with recurrent mutation},
author = {Anastasia Ignatieva and Rune B. Lyngsø and Paul A. Jenkins and Jotun Hein},
journal= {arXiv preprint arXiv:2012.09562},
year = {2021}
}
备注
18 pages, 12 figures; accepted for publication in Bioinformatics