预测与 Rb1 相关的非同义 SNP 的致病性——一种计算研究方法

单核苷酸多态性（SNP）是 DNA 中特定位置上的变异。其序列负责标记与疾病相关的基因或追踪家族内的遗传疾病。Rb1 基因中的这些变异可导致单眼或双眼视网膜视网膜母细胞瘤与癌症、骨肉瘤、黑色素瘤、白血病、肺癌和乳腺癌。首先，使用 NCBI 托管的 SNP 数据库提取一些基本数据。通过 GeneMANIA 分析 Rb1 与其他基因的关联。使用了十种不同的计算工具，即 SIFT、Polyphen-2、I-Mutant 3.0、PROVEAN、SNAP2、PHD-SNP、PMut、SNPs&GO 用于筛选有害 SNP，使用 Consurf Server 评估氨基酸保守区域以估算之，使用 Project Hope 检查突变蛋白的结构效应。GeneMANIA 预测 RB1 基因预期与另外 20 个基因（如 CCND1 和 RBP2 等）有强关联。根据从 NCBI 托管的 dbSNP 检索的数据，本研究探查的 Rb1 基因共携带 36,358 个 SNP。345 个位于 3'UTR，65 个位于 5'UTR，34,543 个位于内含子区。844 个为编码 SNP，其中 199 个同义，450 个非同义，包括 425 个错义、5 个无义和 20 个移码突变。其余均为其他类型 SNP。我们取 425 个错义 SNP 用于研究。共 17 个突变即 D332G、R445Q、E492V、P515T、W516G、V531G、E533K、E539K、M558R、W563G、L657Q、A658T、R661Q、D697H、D697E、P796L 和 R798W 被预测对 Rb1 蛋白的结构与功能具有有害效应。