调控肿瘤中microRNA对基因表达作用的单核苷酸多态性
基因组学
2018-03-21 v2
摘要
全基因组关联研究(GWAS)已识别出与性状多样性和疾病易感性相关的单核苷酸多态性(SNPs),然而许多遗传变异的功能特性及其分子相互作用仍不清楚。有假说认为,microRNA结合位点中的SNPs可能破坏microRNAs(miRNAs,结合mRNA并下调靶基因表达的短链非编码RNA)对基因的调控。尽管已有若干研究致力于预测SNPs在miRNA结合位点中的位置,但迄今尚无关于SNP变异如何影响miRNA对基因调控的全面分析。在此,我们探究遗传变异的功能特性及其在癌症中对miRNA调控基因表达的影响。我们的分析基于如下假说:不同等位基因可能导致差异性结合(从miRNAs到mRNAs,或从转录因子到DNA)并改变基因表达。我们先前通过比较健康组织与肿瘤组织中miRNA-通路关联,识别出在癌症中受miRNAs失调的通路——赋予特定细胞功能的基因系统。我们以这些结果作为起点,评估失调通路上基因中的SNPs是否应为肿瘤中个体基因的miRNA失调负责。利用整合了miRNA表达、mRNA表达与SNP基因型数据的综合分析,我们识别出似乎影响miRNAs与基因间关联的SNPs,称之为“调控数量性状位点(regQTLs)”:其等位基因影响miRNAs对基因调控的位点。我们描述了该方法,将其应用于利用来自癌症基因组图谱(TCGA)的数据分析四种癌症类型(乳腺、肝脏、肺、前列腺),并提供了一个探索上述发现的工具。
引用
@article{arxiv.1803.03189,
title = {Single nucleotide polymorphisms that modulate microRNA regulation of gene expression in tumors},
author = {Gary Wilk and Rosemary Braun},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.03189},
year = {2018}
}