通过变量选择置信集对年龄相关性黄斑变性相关遗传因子进行排序
应用统计
2019-03-05 v2
摘要
广义线性模型在病例对照遗传研究中的广泛使用已帮助识别许多疾病相关风险因子，通常定义为DNA变异或单核苷酸多态性（SNPs）。迄今为止，大多数文献侧重于基于某些统计视角选择唯一最佳SNP子集。然而，在显著噪声存在下，处理复杂遗传疾病时，常发现多个生物学路径受给定数据集的同等支持。我们通过构建称为变量选择置信集（VSCS）的模型列表来解决SNP选择的相关模糊性，该列表包含在用户指定置信水平下所有受良好支持的SNP组合的集合。VSCS将变量选择设定中熟悉的置信区间概念扩展，并为从业者提供超越信任单一模型的变量选择活动新工具。基于VSCS，我们考虑自然的图形和数值统计量，根据SNP在最简约VSCS模型中的频率来衡量其包含重要性。本工作由可用的年龄相关性黄斑变性病例对照遗传数据所推动，该疾病是一种广泛的复杂疾病和视力丧失的主要原因。
引用
@article{arxiv.1512.05419,
title = {Ranking genetic factors related to age-related maculardegeneration by variable selection confidence sets},
author = {Chao Zheng and Davide Ferrari and Michael Zhang and Paul Baird},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.05419},
year = {2019}
}
备注
23 pages, 4 figures