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长程关联噪声下力诱导的 DNA 解链

统计力学 2015-05-28 v1 软凝聚态物质 生物物理

摘要

我们推导并求解了一个 Fokker-Planck 方程,用于描述在外力作用下双链 DNA 解链模型中自由能的稳态分布。随机 DNA 序列的自相关函数可以具有一般形式,包括长程关联。在具有有限关联长度的 Orstein-Uhlenbeck 噪声情形下,我们的结果归结为 Allahverdyan 等人的精确结果,即在白噪声极限下,平均解链碱基对数满足 <X>~1/f^2,其中 f 是与临界力的偏差。在长程关联噪声情形下,即积分自相关发散时,我们发现 <X> 在 f=0 处为有限值,且其值随着关联变得更长程而减小。这表明长程关联实际上稳定了 DNA 序列,使其不易解链。我们的结果也与 Allahverdyan 等人通过数值生成长程关联噪声所得到的发现一致。

关键词

引用

@article{arxiv.1107.0097,
  title  = {Force Induced Unzipping of DNA with Long Range Correlated Noise},
  author = {Pui-Man Lam and Yi Zhen},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1107.0097},
  year   = {2015}
}

备注

15 pages, 2 figures