从机械解链数据推断 DNA 序列：大带宽情形
生物大分子
2015-05-13 v1 统计力学
摘要
DNA 分子的互补链可以在被拉力拉开时分离；解链信号与序列的碱基含量相关，但会受到热噪声和仪器噪声的影响。我们在此考虑开链事件具有极高时间分辨率（极大带宽）的理想情形，并研究如何从解链数据重建序列。我们的方法依赖于统计贝叶斯推断和 Viterbi 解码算法的使用。在蒙特卡罗生成的数据上以数值和解析方式研究了性能。我们展示了如何利用同一分子的多次解链来提高预测质量，并解析计算了所需解链次数作为带宽、序列含量及解链单链弹性参数的函数。
引用
@article{arxiv.0704.2547,
title = {Inferring DNA sequences from mechanical unzipping data: the large-bandwidth case},
author = {Valentina Baldazzi and Serena Bradde and Simona Cocco and Enzo Marinari and Remi Monasson},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.2547},
year = {2015}
}