估计DNA回文序列的出现率
应用统计
2011-04-28 v1
摘要
DNA回文序列是一段具有反向对称性的双链DNA序列片段，可形成二级结构，赋予从RNA转录到DNA复制等重要生物学功能。检验DNA回文序列簇是否随机分布是一个有趣的生物信息学问题，其中DNA回文序列的出现率是建立检验的一个关键估计量。扫描统计中最常用的出现率估计量是平均率。然而，在我们的模拟中，由于疱疹病毒基因组中3000 bp的热点区域，平均率可能会使DNA回文序列的零假设出现率翻倍。在此，我们基于DNA序列的马尔可夫假设，通过解析推导提出了一个估计出现率的公式。我们的模拟研究表明，与常用的平均率相比，该方法在准确性和对热点的稳健性方面均有所提高。此外，我们推导了马尔可夫模型下各种统计量的矩母函数解析公式，使得p值的进一步计算成为可能。
引用
@article{arxiv.1104.5064,
title = {Estimate the Occurrence Rate of the DNA Palindromes},
author = {I-Ping Tu and Yuan-Fu Huang and Shao-Hsuan Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1104.5064},
year = {2011}
}
备注
16 pages, 1 figure