HIV基因组重组的参数推断
基因组学
2007-05-23 v1 定量方法
摘要
重组是HIV进化中的一个重要事件。它影响了大流行的全球传播，以及单个患者体内对宿主免疫反应和药物治疗的进化逃逸。需要全面的计算方法来检测大型数据库中的重组序列，并推断亲本序列。我们提出了一个隐马尔可夫模型，用于将查询序列注释为给定比对序列集合的重组体。使用参数推断来确定模型所有参数下的所有最优注释。我们表明，推断出的注释恢复了已建立的人工注释的大部分特征。因此，隐马尔可夫模型的参数分析对于HIV全长基因组是可行的，并且它改进了重组形式的检测和注释。所有计算结果、参考比对和C++源代码可在 http://bio.math.berkeley.edu/recombination/ 获取。
引用
@article{arxiv.q-bio/0512019,
title = {Parametric inference of recombination in HIV genomes},
author = {Niko Beerenwinkel and Colin N. Dewey and Kevin M. Woods},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0512019},
year = {2007}
}
备注
20 pages, 5 figures