应用于拷贝数变异联合检测的耦合隐马尔可夫模型的变分推断
统计方法学
2017-06-22 v1
摘要
隐马尔可夫模型为基因组学中拷贝数变异（CNV）的检测提供了一个自然的统计框架。在本文中，我们考虑了一个同时涉及多个相关隐过程的隐马尔可夫模型。当处理大量序列时，最大似然推断（通常使用EM算法执行）变得难以处理。因此，我们提出了一种基于变分方法（VEM）的近似推断算法。我们进行了模拟研究以评估所提方法的性能，并展示了其在植物基因组结构变异检测中的应用。
引用
@article{arxiv.1706.06742,
title = {Variational inference for coupled Hidden Markov Models applied to the joint detection of copy number variations},
author = {Xiaoqiang Wang and Emilie Lebarbier and Julie Aubert and Stéphane Robin},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.06742},
year = {2017}
}