基于k-错配公共子串长度分布的基因组序列系统发育距离估计
种群与进化
2017-09-06 v1 基因组学
摘要
多种无比对序列比较方法基于两个输入序列间精确或不精确词匹配的长度。Haubold等人(2009)展示了如何基于精确公共子串的平均长度估计两个DNA序列间的平均替换数。本文中，我们研究了两个序列间-错配公共子串的长度分布。我们表明，自两个序列从最近共同祖先分化以来每个位置发生的替换数，可以从它们-错配公共子串长度分布中局部最大值的位置估计得出。
引用
@article{arxiv.1709.01371,
title = {Estimating phylogenetic distances between genomic sequences based on the length distribution of k-mismatch common substrings},
author = {Burkhard Morgenstern and Svenja Schöbel and Chris-André Leimeister},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.01371},
year = {2017}
}