高核苷酸偏移双链DNA序列的复制起点功能归因于其脱链倾向
基因组学
2024-07-19 v1 生物大分子
定量方法
摘要
DNA 复制发起的定位称为“复制起点”，在原核生物中已有所阐述。然而，对DNA局部脱链（即复制发起的第一步）序列依赖性的机制性理解仍不足。本文利用用于建模DNA脱链方向性及复制的马尔可夫链模型，我们对线性DNA片段局部熔解的序列依赖性进行建模。我们表明，具有高核苷酸偏移的广义回文序列在熔解温度附近具有较低的动力学垄断，因而可作为复制起点发挥作用。我们通过在线肠氏酵母、细菌、古菌和质粒的复制起点中发现高偏移回文序列的证据来支持这一论点。
引用
@article{arxiv.2407.13260,
title = {High nucleotide skew palindromic DNA sequences function as replication origins due to their unzipping propensity},
author = {Parthasarathi Sahu and Sashikanta Barik and Koushik Ghosh and Hemachander Subramanian},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.13260},
year = {2024}
}
备注
20 pages, 9 figures