规避含结蛋白质折叠的危机

具有非平凡拓扑结构（包含结和滑结）的蛋白质，能够在无需任何额外外力的情况下折叠到其天然状态。本文提出了一种针对这些蛋白质（如 YibK 和 YbeA）的折叠机制，该机制涉及一个带有滑结的中间构象。它阐明了拓扑势垒和回溯在折叠事件中的作用。它还说明了天然接触足以在大约 1-2% 的模拟中保证折叠，以及滑结中间体如何需要用来减少拓扑瓶颈。正如预期的那样，对结构相似但结被移除的蛋白质的模拟折叠效率要高得多，清楚地证明了这些拓扑势垒的起源。尽管这些研究基于一个简单的粗粒化模型，但它们已经能够提取出在这种复杂拓扑结构中控制折叠的一些基本原理。