检测对数量性状具有交互效应的 SNP
统计方法学
2018-05-24 v1
摘要
在此我们提出一种检验来检测单核苷酸多态性（SNPs）对数量性状的效应。显著的 SNP-SNP 交互比显著 SNP 更难检测，部分由于海量的 SNP-SNP 组合。我们提议脱离检验交互项，转向检验单个 SNP 是否参与任何交互。这将多重检验负担降低为每个 SNP 一个检验，并允许与未观测因子的交互。一次分析一个 SNP，我们根据次要等位基因的数量将个体分为两组。若数量性状在两组的均值上不同，则该 SNP 具有主效应。若数量性状在一组内某些个体与所有其他个体间的分布不同，则其可能具有交互效应。我们提出一种混合检验来检测两类效应。隐式地，隶属概率可提示潜在的交互变量。通过分析模拟与实验数据，我们表明所提检验在统计上功效强、维持 I 类错误率，并检测到有意义信号。R 包 semisup 可从 Bioconductor 获取。
引用
@article{arxiv.1805.09175,
title = {Detecting SNPs with interactive effects on a quantitative trait},
author = {Armin Rauschenberger and Renee X. Menezes and Mark A. van de Wiel and Natasja M. van Schoor and Marianne A. Jonker},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.09175},
year = {2018}
}