阐明核糖体 A1493 在密码-反密码螺旋稳定性和刚性支撑中的作用：基于分子动力学模拟

核糖体通过监控 A 位解码中心的密码-反密码相互作用来确保翻译准确性。然而，保守核苷酸 A1493如何贡献于这一过程仍存在争议。为此，我们从核糖体识别中间体发起分子动力学模拟，揭示了 A1493 在解码中的多重作用。通过二维伞抽样，我们量化了 A1493 翻转与密码-反密码螺旋第一对碱基稳定性之间的耦合。我们的结果表明，A1493 通过熵驱动的稳定机制促进 mRNA-tRNA 配对，放大了 cognate 与 near-cognate tRNA 稳定性差异，充当“楔子”为密码-反密码螺旋提供刚性支撑。进一步分析识别出结构互补性对于正确 A1493 翻转至关重要，tRNA 第 37 位在结构上发挥关键作用。此外，我们探讨了假尿苷修饰和转位如何影响密码-反密码稳定性。总体而言，这些发现细化了当前核糖体解码的机制框架。