面向稀有变异与生存结局的数据自适应基因与通路检验
统计方法学
2026-04-03 v1
摘要
用于检测聚合稀有变异基因关联的统计方法通常基于 burden test 或 dispersion test（或两者的组合）。这些方法在存在多样化基因结构的情况下缺乏统计功效。此外，很少有聚合稀有变异关联方法专门针对生存数据开发。为此，我们提出一种基于 Cox 比例风险模型中 Schoenfeld 残差的、针对稀有变异与生存结局之间聚合关联的、数据自适应的基因和通路检验方法。我们的方法在保持灵活性的同时，适用于各种基因效应大小和方向，提高了统计功效。我们开发了一个高效的 R 软件包，支持快速计算，包括数据模拟以及基因和通路水平的测试。将我们的方法应用于非转移性前列腺癌放疗后晚期糖尿病毒性，我们识别出相关的基因和通路，复制了已知信号，并捕获了额外的关联。我们的方法为稀有变异的生存基于遗传学的关联研究提供了一个强大、自适应的框架。
引用
@article{arxiv.2604.01625,
title = {Data-adaptive gene and pathway-based tests forrare-variant associations with survival outcomes},
author = {Yu Wang and Kwang Woo Ahn and Sarah L. Kerns and William Hall and Petra Seibold and Christopher J. Talbot and Ana Vega and Barry S. Rosenstein and Nawaid Usmani and Catharine M. L. West and Liv Veldeman and Paul L. Auer and Zhongyuan Chen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2604.01625},
year = {2026}
}