用于罕见变异检验的 W-test collapsing 方法及其在高血压疾病外显子测序数据中的应用
定量方法
2016-07-27 v1 统计方法学
摘要
测序技术的进步使得研究复杂疾病与具有低次等位基因频率的罕见变异之间的关联成为可能。罕见变异检验的主要挑战之一是，由于单核苷酸多态性方差极低，传统检验方法缺乏统计功效。在本文中，我们引入了一种 W-test collapsing 方法，该方法使用合并的对数优势比来评估病例组与对照组之间的分布差异。使用模拟数据集将所提出的方法与 Weighted-Sum Statistic 和 Sequence Kernel Association Test 进行了比较，并表现出更好的性能和更快的计算速度。在对高血压疾病的真实下一代测序数据集的研究中，我们鉴定出了具有与代谢紊乱和炎症相关的有趣生物学功能的基因，包括 MACROD1、NLRP7、AGK、PAK6 和 APBB1。W-test collapsing 方法为罕见变异关联分析提供了一种快速、有效的替代途径。
引用
@article{arxiv.1607.07834,
title = {A W-test collapsing method for rare variant testing with applications to exome sequencing data of hypertensive disorder},
author = {Rui Sun and Haoyi Weng and Inchi Hu and Junfeng Guo and William K. K. Wu and Benny Chung-Ying Zee and Maggie Haitian Wang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1607.07834},
year = {2016}
}
备注
18 pages, 1 figure, 4 tables. Genetic Epidemiology accepted