利用基因 - 性状相似性回归对生存结果进行基因水平药物遗传学分析
应用统计
2014-08-04 v1
摘要
基于基因/通路的方法因其在检测影响疾病易感性的罕见和常见变异方面的有用性而受到广泛关注。药物反应的生物学机制表明，基于基因的分析在药物遗传学中具有更大的潜力。受维生素干预预防中风 (VISP) 试验研究的启发，我们开发了一种用于生存分析的基因 - 性状相似性回归，以评估基因或通路对时间至事件结果的影响。该相似性回归具有涵盖一系列生存模型（如比例风险模型和比例优势模型）的通用框架。在比例风险模型下开发的推断过程对模型误设具有鲁棒性。我们推导了相似性生存回归与随机效应模型之间的等价性，这进一步统一了当前基于方差分量的方法。我们通过模拟研究证明了所提出方法的有效性。此外，我们将该方法应用于 VISP 试验数据，以识别与复发性中风风险相关的基因。研究发现 TCN2 基因与低剂量组的复发性中风风险相关。该基因可能会影响辅因子治疗反应中的复发性中风风险。
引用
@article{arxiv.1408.0083,
title = {Gene-level pharmacogenetic analysis on survival outcomes using gene-trait similarity regression},
author = {Jung-Ying Tzeng and Wenbin Lu and Fang-Chi Hsu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.0083},
year = {2014}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/14-AOAS735 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)