模型全球蛋白 Hp-36 折叠期间接触对的动力学
软凝聚态物质
2007-05-23 v1 q-bio
摘要
通过 Brownian 动力学仿真研究了模型蛋白 Hp-36 折叠期间各种疏水残基接触对形成的动力学。采用疏水规模和非局部螺旋倾向性来建模残基间的复杂相互作用。仿真得到的结构与真实蛋白的本国态结构具有 为 4.5 \AA 的良好吻合。引入了接触对距离时间相关函数 ，其衰减呈多阶段，包括特定接触对的“慢晚期动力学”。这些接触对决定了折叠的长时间尺度。动力学可与景观、相对接触序数和拓扑接触相关联。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0212379,
title = {Contact Pair Dynamics During Folding of a Model Globular Protein, Hp-36},
author = {Arnab Mukherjee and Biman Bagchi},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0212379},
year = {2007}
}
备注
4 pages including 4 figures. Submitted to the Phys. Rev. Lett