疏水干燥力如何影响分子识别的动力学

研究了一个蛋白质-配体结合动力学模型，其中缓慢的溶剂动力学源于疏水干燥转变。分子动力学模拟显示，受体口袋中的溶剂可以在湿态和干态之间涨落，每种状态的寿命足够长，可以提取可分离的平均力势和湿-干转变。我们引入了一个扩散表面跳跃模型，该模型由二维马尔可夫主方程表示。一个维度是标准反应坐标，即配体-口袋间距，另一个维度是配体与结合口袋之间区域的溶剂状态，指定是湿还是干。在我们的模型中，配体在一个动态自由能表面上扩散，该表面在湿态和干态之间经历动力学转变。该模型与显式溶剂分子动力学模拟结果吻合良好，并改进了疏水组装的动力学描述。此外，它与仅考虑配体-口袋间距坐标的“非马尔可夫布朗理论”一致。