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表征纳米通道中聚合物的打结性质

组合数学 2021-12-15 v1 软凝聚态物质 统计力学 一般拓扑

摘要

利用管中聚合物的格点模型,我们定义了一种将给定纽结的不同构型表征为“局域”或“非局域”的方法,并且对于几种环状聚合物模型,我们提供了理论和数值证据,证明在平衡态下非局域构型比局域构型更具可能性。这些表征基于一种测量打结聚合物链中纽结“大小”的标准方法。该方法将纽结类型关联到聚合物链的子弧上,然后识别出具有最小弧长的打结子弧;该弧长即为纽结大小。如果所得纽结大小相对于整条链的长度较小,则认为该纽结是局域化的或“局域”的。另一方面,如果纽结大小与链的长度相当,则认为该纽结是“非局域”的。利用这一定义,我们证明了在简单立方格的管状子格中,除了指数级少数外,所有足够长的自回避多边形(闭合链)都是“非局域”打结的。我们证明了当相同多边形受到外部拉伸力时,以及当它们尽可能致密(无空格点)的极端情况下,该结论同样成立。我们还提供了小管径下的数值证据,表明在平衡态下,无论拉伸或压缩力的强度如何,非局域打结都比局域打结更具可能性。然而我们注意到,由于管的限制,游走(开放链)中非局域打结的出现与多边形有显著不同。还讨论了这些结果与近期涉及固态纳米孔中 DNA 纽结的实验的相关性。

关键词

引用

@article{arxiv.1803.08212,
  title  = {Characterising knotting properties of polymers in nanochannels},
  author = {Nicholas R. Beaton and Jeremy W. Eng and Kai Ishihara and Koya Shimokawa and Christine E. Soteros},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1803.08212},
  year   = {2021}
}

备注

19 pages, 12 figures