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通过树装饰法枚举正常型和混合网络的渐近计数

种群与进化 2025-03-19 v2

摘要

phylogenetic 网络提供了比根植物树更为一般的演化关系描述。产生 phylogenetic 网络的一种方法是随机在根二叉植物树的边上放置 kk 条弧。所得到的有向图可能无法构成 phylogenetic 网络,甚至当它是(并因此成为“基于树的”网络)时,也可能无法构成 tree-child 或 normal 网络。本文首先表明,如果 kk 为固定值,则随着 nn 的增大,放置弧导致 normal 网络的比例趋于 1。从而,normal 网络的渐近枚举变得直接且能够透明地解释所涉及的组合术语。更进一步,该方法扩展允许 kknn 增长(以 o(n13)o(n^\frac{1}{3}) 的速率),而此在以往工作中尚未被处理。我们还研究了 normal 网络的一个子类,这在生物学中尤为相关(混合网络),并证明相同的渐近结果同样适用。

关键词

引用

@article{arxiv.2412.02928,
  title  = {Asymptotic enumeration of normal and hybridization networks via tree decoration},
  author = {Michael Fuchs and Mike Steel and Qiang Zhang},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2412.02928},
  year   = {2025}
}

备注

20 pages, 5 figures