基于马尔可夫模型的乙型肝炎病毒基因组研究
基因组学
2023-11-14 v1 人工智能
摘要
人类基因组编码一组称为 APOBEC3（载脂蛋白 B mRNA 编辑酶，催化多肽样 3）的编辑酶家族。若干家族成员，如 APOBEC3G、APOBEC3F 和 APOBEC3H II 单倍型，对 HIV 等病毒表现出活性。这些酶在病毒基因组的负链中诱导 C 到 U 的突变，导致多个 G 到 A 的改变，通常称为“超突变”。这些酶催化的突变在 HIV 基因组中具有序列上下文依赖性；例如，APOBEC3G 优先在 GG、TGG 和 TGGG 上下文中突变 G，而其他成员在 GA、TGA 和 TGAA 上下文中突变 G。然而，相同的序列上下文尚未在与这些酶和 HBV 的关系中被探索。在本研究中，我们的目标是在 HBV 基因组中识别 APOBEC3 酶的突变足迹。为此，我们采用多变量数据分析技术，使用来自广泛自然感染患者的全基因组 HBV 序列，研究 APOBEC3 酶突变的基序偏好和潜在序列层级。该方法使我们能够基于单核苷酸到四核苷酸基序的表示区分正常和超突变序列。此外，我们旨在识别与 HBV 基因组中不同 APOBEC3 酶诱导的超突变相关的基序。我们的分析揭示，要么 APOBEC3 酶对 HBV 不活跃，要么这些酶诱导的 G 到 A 突变在 HBV 基因组中不具有序列上下文依赖性。
引用
@article{arxiv.2311.06699,
title = {An Investigation of Hepatitis B Virus Genome using Markov Models},
author = {Khadijeh and Jahanian and Elnaz Shalbafian and Morteza Saberi and Roohallah Alizadehsani and Iman Dehzangi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.06699},
year = {2023}
}