基于系统生物学方法识别HBV相关肝细胞癌中下调的枢纽基因与关键通路
分子网络
2023-06-29 v1
摘要
慢性乙型肝炎(CHB)是肝细胞癌(HCC)发生的一个独立危险因素,可不经过肝硬化而出现。除部分抗病毒药物在肿瘤切除后对患者生存的有利作用外,这些药物的终身使用是必要的。因此,设计针对靶点的治疗策略以提高HCC患者预期寿命非常重要。本研究旨在采用基于系统生物学的方法识别HB相关HCC中下调的枢纽基因和富集通路。从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE121248的微阵列数据。筛选调整p < 0.05且对数折叠变化(FC) < -1.5的差异表达基因(DEGs)。然后,检测具有最高中心性的基因。最后,评估枢纽基因的预后价值。具有最高交互度、介数和特征向量中心性的六个低表达枢纽基因包括IGF-1、PTGS2、PLG、HGF、ESR-1和CYP2B6。在高中心性基因中,若干基因包括CYP2C9、ESR-1、CXCL2、CYP2C8、IGF-1、CYP3A4、CYP2E1、CERPINE-1和PXR在HCC中具有预后意义。重要的受抑通路包括代谢通路以及PI3K-Akt和趋化因子信号通路。若干参与代谢、分化和趋化作用的基因低表达可能是HCC进展的标志,可考虑作为诊断和治疗靶点。
引用
@article{arxiv.2306.16173,
title = {Identifying downregulated hub genes and key pathways in HBV-related hepatocellular carcinoma using systems biology approach},
author = {Sedigheh Behrouzifar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.16173},
year = {2023}
}
备注
28 pages,5 figures, 4 tables