基于组织特异性通路预测肝细胞癌的治疗性与加重性药物
组织与器官
2017-07-05 v1
摘要
动机：肝细胞癌（HCC）是全球重大的健康问题，年病例数接近 70 万。然而，针对 HCC 患者安全有效的治疗选择寥寥无几。在此，我们提出一种基于组织特异性通路预测 HCC 治疗性与加重性药物的新方法，该方法不仅考虑肝脏组织和通路的功能信息，还考虑通路中单个基因的变化。结果：首先，我们将与 HCC 相关的基因映射到肝脏特异性蛋白质相互作用网络，获得扩展的 HCC 组织特异性基因集。随后，基于该扩展基因集提取了 12 条富集的 KEGG 功能通路。利用 Kolmogorov-Smirnov 统计量，我们基于这 12 条组织特异性通路计算了药物的治疗评分。最后，经 Comparative Toxicogenomics Database (CTD) 基准筛选，我们获得了 3 种 HCC 治疗性药物和 3 种加重性药物。此外，我们通过分析与 PubMed 文献中报道的药物适应症的重叠情况，并基于其靶点进行 CMapprofile 相似性分析和 KEGG 富集分析，验证了这 6 种潜在相关的 HCC 药物。所有分析结果表明，我们的方法对于发现 HCC 新型治疗方案有效且准确，且易于扩展至其他疾病。更重要的是，我们的方法能清晰区分 HCC 的治疗性与加重性药物，也可用于指示 CTD 中未标记的药物 - 疾病关联为阳性或阴性。
引用
@article{arxiv.1707.00954,
title = {Predicting therapeutic and aggravating drugs for hepatocellular carcinoma based on tissue-specific pathways},
author = {Liang Yu and Fengdan Xu and Lin Gao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1707.00954},
year = {2017}
}