研究爱泼斯坦-巴尔病毒相关癌及潜在致癌病因机制的网络策略
分子网络
2022-08-02 v1 亚细胞过程
摘要
疾病状态是某些异常的结果，这些异常与众多细胞和组织的临床状况相关，影响多种器官。EBV（爱泼斯坦-巴尔病毒）在引起影响 B 细胞和上皮细胞的传染性单核细胞增多症（IM）以及 EBV 相关癌症发展中的共同作用一直是活跃的研究领域。研究此类重要相互作用可能有助于发现某些 EBV 相关淋巴增殖性疾病（伯基特淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤）和非淋巴增殖性疾病（胃癌和鼻咽癌）的新治疗靶点。基于 DisGeNET（v7.0）数据集，我们构建了疾病-基因网络二部图，以识别参与各种癌的基因，即胃癌（GC）、鼻咽癌（NPC）、霍奇金淋巴瘤（HL）和伯基特淋巴瘤（BL）。使用社区检测算法（Louvain 方法），我们识别社区，随后通过过表征分析方法进行功能富集。在本研究中，我们识别模块化社区以探索这一共同致病病原体（EBV）与不同癌如 GC、NPC、HL 和 BL 的关系。根据其度分布，我们识别出前 10 个基因为 CASP10、BRAF、NFKBIA、IFNA2、GSTP1、CSF3、GATA3、UBR5、AXIN2 和 POLE。进一步的过表征分析显示，ABL1 基因在 9 个关键生物学过程中的 3 个显著过表征。因此，我们可推断 EBV 病原体选择性地靶向关键通路以引起细胞生长停滞/凋亡，并干扰重要生物学过程，包括 TP53 基因网络，从而导致重要细胞活动损伤的进一步增殖。
引用
@article{arxiv.2208.00471,
title = {Network strategies to study Epstein-Barr virus associated carcinomas and potential etiological mechanisms for oncogenesis},
author = {S. Chatterjee and B. S. Sanjeev},
journal= {arXiv preprint arXiv:2208.00471},
year = {2022}
}
备注
12 pages, 5 figures