WFABC：一种基于 Wright-Fisher ABC 的方法，用于从时间采样数据推断有效种群大小和选择系数
种群与进化
2014-10-01 v1
摘要
随着测序技术的最新发展，时间采样数据变得越来越可用和易于获取。自然地，人们也并行努力从这些数据集中推断群体遗传参数。在此，我们利用模拟的时间序列数据集，比较并分析了四种基于 Wright-Fisher 模型以在给定有效种群大小 () 下推断选择系数 () 的最新方法。此外，我们展示了一种最近提出的基于 ABC 的方法的优势，该方法能够从时间序列数据中正确推断全基因组平均 ，随后将其设为先验，从而准确且精确地推断每个位点的选择系数。我们将此 ABC 方法实现为新软件，并将其应用于经典的时间序列数据集，即蛾类 Panaxia dominula 的 medionigra 基因型数据。我们通过实施显性比率 () 的估计量表明，隐性致死模型是对观察到的等位基因频率变化的最佳解释。
引用
@article{arxiv.1409.8529,
title = {WFABC: a Wright-Fisher ABC-based approach for inferring effective population sizes and selection coefficients from time-sampled data},
author = {Matthieu Foll and Hyunjin Shim and Jeffrey D. Jensen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1409.8529},
year = {2014}
}